rubydirs = Dir.glob(["#{Rails.root}/app/assets/themes/", "#{Rails.root}/themes/"]).select do |f|

A theme should at least override application.css¶

File.directory?(f) && File.exist?("#{f}/stylesheets/application.css")
end
つまり、Redmineは/usr/src/redmine/app/assets/themes/と/usr/src/redmine/themes/の両方をスキャンします。さらに重要なのは、テーマが認識されるためには少なくともstylesheets/application.cssファイルを含んでいる必要があるという点です。